Voor een ICSI-behandeling bestaan dezelfde risico’s voor de vrouw als bij een IVF-behandeling. In vergelijking met IVF, zijn er bij ICSI minder gegevens bekend over de effecten van ICSI op kinderen. Dat komt omdat IVF al langer wordt toegepast. Het grote verschil bij ICSI is dat de mens bepaalt welke zaadcel de eicel binnendringt. De zaadcel ziet er van de buitenkant goed uit, maar of het ook echt de beste is, dat valt niet te zeggen. Normaal bepaalt de natuur dit proces.
Inmiddels zijn honderdduizenden kinderen geboren na een ICSI-behandeling. Zij hebben niet meer kans op een aangeboren afwijking dan op andere wijze verwekte kinderen. Wel is er een kleine verhoogde kans (1 %) op chromosoomafwijkingen bij het kind.
Deze blijken meestal te komen door het erfelijke patroon van de vader en niet door de ICSI techniek. Ook blijkt de zaadkwaliteit van zonen na ICSI wat lager dan gemiddeld.