De vakgroep medische microbiologie van het JBZ omvat zes artsenmicrobioloog en één medisch moleculair microbioloog die werkzaam zijn op de volgende deelgebieden: bacteriologie, mycobacteriologie, virologie, serologie, parasitologie, mycologie en moleculaire diagnostiek. De expertise is gericht op het gebied van diagnostiek en de behandeling van infectieziekten. Dit betreft zowel dagelijks voorkomende infecties als bijzondere infecties, zoals reis-gerelateerde infecties.
Het Laboratorium Medische Microbiologie onderhoudt nauw contact met onder andere de Dienst Hygiëne en Infectiepreventie, het Laboratorium voor Klinische Chemie en Hematologie, Ziekenhuis Bernhoven, regionale zorginstellingen, huisartsen en de GGD Hart voor Brabant.
Snelle microbiologische diagnostiek is een belangrijke voorwaarde voor een optimale behandeling van infectieziekten. Kennis van antimicrobiële middelen (resistentieproblematiek, farmacodynamiek en - kinetiek, toxiciteit en kosten) is van belang voor het maken van de juiste keuzes.