U wordt onder narcose gebracht. U ligt op de rug met uw benen opgetrokken in de beensteunen. De ureteroscoop wordt via de plasbuis en de blaas tot in de urineleider (ureter) gebracht. Door de ureteroscoop stroomt voortdurend spoelvloeistof, waardoor de ureter wijder wordt. De arts kan het instrument daardoor opschuiven tot op de steen. Soms is het mogelijk de steen met speciale instrumenten (paktangetje of korfje) vast te pakken en in zijn geheel te verwijderen. Het kan zijn dat de steen eerst verkleind moet worden, meestal met laser. Dan worden daarna de kleine deeltjes van de steen verwijderd of kunnen ze vanzelf naar buiten komen.
Meestal wordt tijdens de operatie röntgen-doorlichting gebruikt en soms wordt contrastmateriaal in de urineleider gespoten om de steen goed in beeld te krijgen. Na verwijdering van de steen(deeltjes) wordt soms een dun slangetje (JJ, dubbel J) achtergelaten in de urineleider. Hierdoor kan de urine makkelijker afvloeien en het voorkomt kolieken (krampen). Meestal wordt ook een blaaskatheter geplaatst, een dun slangetje vanuit de blaas tot buiten het lichaam.
Om te controleren of alle steendeeltjes zijn verwijderd wordt vaak na de operatie een röntgenfoto gemaakt.