De operatie vindt plaats onder algehele narcose. Hoewel er maar een kleine snee in de flank wordt gemaakt, is deze ingreep een echte operatie.
U wordt eerst onder narcose gebracht. Meestal bestaat de operatie uit 2 delen:
Eerst ligt u op uw rug en kijkt de arts via de plasbuis in de blaas (cystoscopie). Er wordt een dun hol buisje ingebracht in de blaas waar de arts met speciale instrumenten door kan kijken. De uitmonding van de urineleider in de blaas wordt geïdentificeerd en een dun slangetje wordt in de urineleider (=ureter) opgeschoven tot in de nier. Dit slangetje (genaamd ureterkatheter) komt via de plasbuis naar buiten.
De instrumenten worden uit de blaas genomen en de ureterkatheter wordt vastgemaakt aan een blaaskatheter. Via de ureterkatheter kan later tijdens de operatie contrastvloeistof in het verzamelsysteem van de nier worden gebracht om deze zichtbaar te maken middels een röntgenfoto.
In de tweede fase van de operatie wordt uw houding veranderd: u wordt op uw buik gedraaid en met kussens ondersteund. De nier ligt aan de rugzijde van het lichaam, en wordt via de huid van de rug aangeprikt. Hiervoor wordt het verzamelsysteem van de nier, waarin de steen zich bevindt, verwijd met behulp van contrastvloeistof die via de ureterkatheter in de nier wordt gebracht.
De nier wordt in beeld gebracht met een echoapparaat of met behulp van röntgenstralen waarna hij met een dunne naald wordt aangeprikt (punctie). Wanneer er via deze naald urine naar buiten komt, dan is er een verbinding gemaakt met het verzamelsysteem van de nier. Het kanaaltje dat door de naald is gemaakt wordt verwijd tot een diameter van ongeveer 1 centimeter. Dit gebeurt door steeds groter wordende holle buisjes op te schuiven tot in de nier. Uiteindelijk is er een holle buis ter grootte van een flinke balpen in de nier aanwezig. Met het juiste instrumentarium kan de arts de nier onderzoeken en de steen verwijderen.
Is de steen groter dan de doorsnede van de buis? Dan moet de steen eerst met speciale apparatuur (laser of boor) verkleind worden. Daarna worden de deeltjes weggenomen. Omdat de urine na de ingreep meestal bloederig is, wordt na verwijdering van de steen de holle buis vervangen door een nierkatheter (nefrostomiekatheter) in het verzamelsysteem van de nier. Via dit slangetje wordt de urine naar buiten toe afgevoerd.
Soms is de steen zo groot dat hij een groot gedeelte van het verzamelsysteem in de nier opvult. Men spreekt dan van een afgietselsteen. De complete steen kan niet altijd in één keer worden verwijderd. De reststenen worden dan meestal door de niersteenvergruizer verkleind, waarna de deeltjes uitgeplast worden. Soms is een tweede percutane behandeling nodig of een ureterorenoscopie (URS). Bij een URS wordt de steen (of resten daarvan) verwijderd via de urineweg.